La Banca Popolare di Sondrio adotta il modello di amministrazione e controllo tradizionale, in cui la gestione aziendale è affidata al Consiglio di Amministrazione, le funzioni di vigilanza sono in capo al Collegio Sindacale mentre la revisione legale dei conti è assicurata da una società di revisione esterna.
L'Assemblea nomina il CdA, il quale nomina al proprio interno il Comitato esecutivo, il Comitato operazioni con parti correlate, il Comitato nomine, il Comitato controllo e rischi, il Comitato remunerazionie ed il Comitato Sostenibilità. La Società di revisione effettua il controllo legale dei conti. Il Collegio sindacale svolge le funzioni di controllo e la revisione.