La Banca Popolare di Sondrio adotta il modello di amministrazione e controllo tradizionale, in cui la gestione aziendale è affidata al Consiglio di Amministrazione, le funzioni di vigilanza sono in capo al Collegio Sindacale mentre la revisione legale dei conti è assicurata da una società di revisione esterna.
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L'Assemblea nomina il CdA, il quale nomina al proprio interno il Comitato esecutivo, il Comitato operazioni con parti correlate, il Comitato nomine, il Comitato controllo e rischi, il Comitato remunerazionie ed il Comitato Sostenibilità. La Società di revisione effettua il controllo legale dei conti. Il Collegio sindacale svolge le funzioni di controllo e la revisione.